Zmiana przepisów a wyliczenie faktury

W czerwcu firma wystawiła fakturę za maj z terminem płatności przypadającym na lipiec. Kontrahent zapłacił nam w lipcu w terminie płatności. Ulga na PFRON z maja została wyliczona, biorąc pod uwagę przepisy, które obowiązywały do końca czerwca. Jednak księgowa ma wątpliwości, czy fakturę należy wyliczyć na podstawie przepisów obowiązujących od 1 lipca. Czy nie mając programu spełniającego warunki określone w paragrafie 6 pkt. 2 Rozporządzenia z dnia 29.06.2016 r., a chcąc, aby ewidencja była prowadzona w sposób czytelny, można ją prowadzić np.: w programie WORD i drukować na koniec miesiąca całe zestawienie i podpisując je przez osobę upoważnioną, czy też musi zostać sporządzona kartoteka ewidencji, by ręcznie wypełniać każdą pozycję?