Korekta list płacy a różnice we wpłaconym PIT4

W firmie przeprowadzono kontrolę środków ZFRON. W wyniku kontroli stwierdzono niezgodność salda ewidencji księgowej ZFRON z saldem rachunku bankowego. Powodem dla którego taki stan rzeczy zaistniał były sporządzane korekty list płac. Często w wyniku korekt okazywało się, że wpłacony na rachunek bankowy środków ZFRON PIT4 był wyższy niż po sporządzonej korekcie. Ewidencja księgowa ZFRONu była poprawiana zgodnie z ostateczną wersją listy płac i wartości PITu 4, natomiast z ostrożności i obawy, że instytucja kontrolująca mogłaby wypłatę takiej nadpłaty z rachunku bankowego ZFRON potraktować jako niezasadne wydatkowanie środków, środki te pozostały na rachunku bankowym zasilając rachunek bankowy ZFRON.Jak prawidłowo ewidencjonować środki, właśnie w sytuacjach niespodziewanych korekt list płac kiedy okazuje się że wpłacony PIT4 jest wyższy niż wynikający z ostatecznej wersji listy płac. Czy powstałą nadpłatę można zwrócić na rachunek bieżący nie ponosząc konsekwencji związanych z nieprawidłowym dysponowaniem środków?