Czy zaliczki na PIT wpłacone do PFRON, a następnie zwrócone jako nadpłata przez PFRON są opodatkowane?

Dążąc do udzielenia odpowiedzi na powyższe pytanie, należy odwołać się do stanowiska wyrażonego przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 25 października 2024 r. (sygn. akt II FSK 145/22, LEX nr 3810882). NSA rozpatrywał sprawę pracodawcy, będącego podatnikiem PIT, który był wspólnikiem spółki jawnej, mającej status zakładu pracy chronionej (ZPChr). Na podstawie art. 38 ust. 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j.: Dz. U. z 2025 r., poz. 163, ze zm.) – dalej: u.p.d.o.f., pracodawca odprowadzał zaliczki na PIT w proporcji:

• 40% na PFRON,
• 60% na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych (ZFRON).

Jednakże na mocy decyzji z dnia 1 lutego 2018 r. wojewoda stwierdził utratę przez spółkę statusu ZPChr. Z treści decyzji wynika, że utrata statusu ZPChr nastąpiła z dniem 20 lipca 2012 r., z mocą wsteczną. Co istotne, wojewoda uznał, iż w okresie od dnia 20 lipca 2012 r. do dnia 31 grudnia 2017 r. spółka posiadała wskaźnik zatrudnienia osób niepełnosprawnych powyżej 50%, wobec czego zastosowanie do niej miało uregulowanie art. 38 ust. 2a u.p.d.o.f. W tym miejscu trzeba przypomnieć, że w myśl tego przepisu, zakłady pracy, które utraciły status ZPChr, ale wciąż zatrudniają osoby z niepełnosprawnościami, przekazują do ZFRON kwoty pobranych zaliczek na PIT od przychodów osób z niepełnosprawnościami ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy oraz od zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego, wypłacanych przez tych płatników osobom z niepełnosprawnościami, za miesiące od początku roku do miesiąca włącznie, w którym dochód osoby z ni